Kérdés:
HCl rota-vibrációs labor: rotációs állandók ab initio szimulációja
Dustin Wheeler
2019-03-14 21:03:15 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Megpróbálom felállítani a klasszikus egyetemi laboratórium szimulációs részét, amely a HCl és DCl rotavibrációs spektrumát tanulmányozza. A szimuláció szempontjából (Gauss-16 alkalmazásával) az egyensúlyi geometria és a vibrációs energia számításai triviálisak. Az anharmonitás beillesztése a freq = anharm kulcsszó használatával is egyszerű. Problémáim vannak a rezgési-forgási paraméterek felvételével, amelyeket a program állítólag támogat, de nem találok megfelelő kimeneti információkat. Vagy hiányoznak a kimeneti adatok, mert nem tudom, mit keresek, vagy valami nincs rendben a számításban. Konkrétan azt szeretném, ha a hallgatók ab initio értékeket kapnának a $ D_e $ , $ \ widetilde {\ nu} _0 $ , $ B_e $ és $ \ alpha_e $ a következő egyenletben ( $ m $ a $ - J '' $ vagy $ J '' + 1 $ a $ P $ és $ R $ ágak): $$ \ widetilde {\ nu} (m) = \ widetilde {\ nu} _0 + (2 B_e - 2 \ alpha_e) m - \ alpha_e m ^ 2 - 4 D_e m ^ 3 $$ Jelenleg megtalálom a $ D_e $ és a $ \ widetilde {\ nu} _0 $ .

Az egyetlen nyom, amelyet a számításban találok, a következő sorok:

  FIGYELMEZTETÉS: A lineáris csúcsok anharmonikus kezelése kísérleti jellegű. Ezenkívül hibrid kezelést alkalmaznak a spektrumok szimulálására: - Energia: degenerált módokat tartalmazó egyenleteket alkalmaznak. - Intenzitás: az N 'módokon végzett összegzés, pár degenerált mód közül csak egy módot figyelembe véve. Variációs korrekció nem történt. ==================================================== Coriolis tengelykapcsolók
==================================================== [Nincs Coriolis-összekapcsolás diatómás molekulákhoz  

Később, a Vibro-Rot alfa mátrix bejegyzésében (ahol a $ bejegyzéseket várnám \ alpha_e $ ), kapom:

  Vibro-Rot alfa mátrix (cm ^ -1 -ben) ---------------- ----------------- A (z) B (x) C (y) Q (1) -0,00000 NaN NaN  

I ' m feltételezve, hogy a Coriolis Couplings üzenetet a nulla értékű alfa mátrixhoz kapcsoljuk. Van-e mód ezeknek a paramétereknek a kihúzására egy Gauss-szimulációban? Ha nem, van-e még egy ab initio csomag, amely elvégzi ezeket a számításokat? Megpróbáltam (szerencse nélkül) átnézni az NWChem dokumentációt.

A bevitel hasznos lehet a számítás reprodukálásához. Sajnos a kimenet nagyobb, mint az SE.com megengedi. Ha további sorokat (vagy teljes példányt) szeretne tőle, szóljon.

Bemeneti fájl:

 % nproc = 4% mem = 400MB # MP2 def2tzvp # opt freq = (anharm, vibrot, noraman) scf = tight freq = ReadIsotopesVibrációs elemzés a D35Cl0 1 Cl 0,0 0,0 0,0 H 0,0 0,0 1,27298,15 1,0352  

Frissítés:

A Gauss-hivatkozások további átolvasása után a következő szakaszban megtaláltam a forgási állandókat ( Ba (x) , Ca (y) ):

  =============================================== ===== Rezgő energiák anharmonikus szinten =========================================== ========== Egységek: Rezgési energiák és forgási állandók cm ^ -1 -ben. MEGJEGYZÉS: Az átmeneti energiákat az alapállapothoz viszonyítva adjuk meg. Referenciaadatok -------------- E (ártalom) E (ártalmas) Ba (x) Ca (y) egyensúlyi geometria 10.643785 10.643785 alapállapot 1525.714 1515.023 NaN NaN alapvető sávok ------ -----------
Mód (n) állapot E (ártalom) E (ártalmas) Ba (x) Ca (y) 1 (1) aktív 3051,429 2951,452 NaN NaN csengőhangok --------- mód (n) E (ártalom) E ( ártalom) Ba (x) Ca (y) 1 (2) 6102.858 5802.928 NaN NaN FIGYELMEZTETÉS: A szimmetrikus és lineáris csúcsok anharmonikus átmeneti nyomatékai még nincsenek teljes mértékben megvalósítva.  

Azonban még mindig Nem talál bejegyzést a $ \ alpha_e $ , a rezgési és a forgási állapot összekapcsolási állandójához. Vajon Gaussian képes ezt az állandót eloltani? Ha igen, akkor rossz néven keresem?

Csak néhány tipp (és nem tudom, hogy ezek bármelyike ​​valóban hasznos-e a kérdéses problémánál): Adja meg a "# P" parancsot, hogy minél több kimenetet kapjon, lehet, hogy több dolog rejtőzik az alapértelmezések között. Használjon ellenőrzőpont fájlokat (`% Chk`). A számítást ossza fel egy optimalizálásra és egy frekvenciaszámításra (használhatja az `% OldChk` alkalmazást). Tapasztaltam, hogy a kulcsszavak kétszer történő megadása problémákat okozhat a g16 számára, ezért kombinálja az opcióhalmokat. Igyekszem ezt mélyebben megvizsgálni, de nem ígérhetem
Megpróbáltam külön fájlt futtatni, de ez úgy tűnik, hogy elrontja az optimalizált anharmonikus frekvenciákat anélkül, hogy javítaná a $ \ alpha_e $ hiányzó értékét. Úgy tűnik, hogy a # # P nem ad további lényeges információkat. Folytattam, és eltávolítottam a `freq = ReadIototópokat`, és most pontosan meghatároztam a` H (Iso = 2) `atom specifikációkban.
Egy válasz:
mcocdawc
2019-03-19 12:46:21 UTC
view on stackexchange narkive permalink

/Nemzett nyilatkozat :

Soha nem használtam Gaussian-t, ezért csak tippelek a programmal kapcsolatban.

Coriolis-csatolás:

A Coriolis-tengelykapcsoló a hajlítási módokat forgatással párosítja, és a diatomikus molekulákban nincs hajlítás. A releváns kimenet NaN is lehet, egyszerűen nincs meghatározva.

Alfa "mátrix":

Diatomikus molekulák esetén két degenerált forgatás és egy van nyújtási mód. Ezért az alfa "mátrixot" valóban jól ábrázolja egy skalár, és ilyenként használja az egyenleteiben. Ezért csak egy alfa értéket várhat el.

Az, hogy -0.000 van írva, és nem 0.000, azt jelzi a csonka negatív számra. Ezenkívül a többi értéket NaN értékre kell beállítani. Úgy gondolom, hogy az Ön által jelentett alfaérték egyszerűen közel nulla. Kipróbálhat egy részletes kimenetet ennek ellenőrzésére.

Megoldás :

Ha nem nulla alfát szeretne kapni, akkor egy olyan molekulát javasolnék, amelynek a potenciális hiperfelülete sekélyebb, azaz alacsonyabb az erőállandóval. Vagy használhatja ezt a példát a lebegőpontos aritmetika és a csonkolás megvitatására diákjaival.

Köszönöm a pontosítást, ez egy olyan koncepció volt, amelyet nem ismertem. Örülök, hogy egy vörös heringet eltüntet. Van betekintés a rot-vib kapcsolási állandóba, $ \ alpha_e $?


Ezt a kérdést és választ automatikusan lefordították angol nyelvről.Az eredeti tartalom elérhető a stackexchange oldalon, amelyet köszönünk az cc by-sa 4.0 licencért, amely alatt terjesztik.
Loading...